ประวัติความเป็นมาของปราสาทหินเมืองต่ำไม่เป็นที่ทราบแน่ชัด เพราะไม่พบหลักฐานว่าสร้างขึ้นเมื่อใดหรือใครเป็นผู้สร้าง แต่ตัวปราสาทนั้นมีลักษณะของศิลปะขอมแบบบาปวน อายุราว พ.ศ. 1325 - 1550 และมีลักษณะของศิลปะขอมแบบคลังซึ่งมีอายุราว พ.ศ. 1508 - 1555 ปะปนกัน คาดว่า ปราสาทแห่งนี้สร้างขึ้นประมาณพุทธศตวรรษที่ 15-17

ปราสาทเมืองต่ำแห่งนี้สร้างเพื่อใช้เป็นศาสนสถานในศาสนาฮินดู ตัวปราสาทมีรูปแบบที่แตกต่างจากปราสาทแห่งอื่นๆ ที่จะมีปรางค์องค์ใหญ่ตรงกลาง และล้อมรอบด้วยปรางค์ขนาดเล็กกว่าทั้ง 4 มุม ปัจจุบันปรางค์ประธานขนาดใหญ่นั้นคงเหลืออยู่เพียงส่วนฐาน จากการขุดค้นเพื่อทำการบูรณะของกรมศิลปากร มีการพบหน้าบันและทับหลังของมุขปราสาทปรางค์ประธานทำจากหินทราย หน้าบันจำหลักเป็นรูปพระอินทร์ประทับนั่งในท่ามหาราชลีลาสนะ ซึ่งเป็นศิลปะเขมรแบบบาปวน ที่มีอายุราวครึ่งหลังพุทธศตวรรษที่ 16

ที่นี่ไม่ได้มีดีเฉพาะสถาปัตยกรรมและศิลปะที่สวยงามของโบราณสถานเท่านั้น แต่ภายในยังมีหมู่บ้านเก่าแก่ตั้งเรียงรายเป็นกลุ่มอยู่กับปราสาทนี้ เรียกว่า ทั้งชุมชนและปราสาทเป็นเหมือนส่วนหนึ่งของกันและกันมาอย่างยาวนาน