อุทยานแห่งชาติหาดขนอม-หมู่เกาะทะเลใต้ มีความโดดเด่นในเรื่องของหาดทรายที่ยื่นยาวออกไปในทะเลคู่กับทิวสนของหาดขนอม และท้องทะเลรอบเกาะน้อยใหญ่กว่า 11 เกาะ ที่ยังอุดมสมบูรณ์ไปด้วยปะการังมากมาย ทั้งปะการังจาน ปะการังสมอง และปะการังเขากวาง รวมถึงชายหาดที่ขาวสะอาดและน้ำสีฟ้าใส

สำหรับหาดขนอมนั้นเป็นชายทะเลที่สวยงาม ยาวติดต่อกัน 2-3 หาด คือ หาดในแปร็ต หาดในเพลา และหาดปากน้ำ ซึ่งรวมกันเรียกว่า “หาดหน้าด่าน” เป็นหาดทรายยาวสลับโขดหิน มีน้ำทะเลใสสะอาด เหมาะสำหรับเล่นน้ำ ส่วนสถานที่ท่องเที่ยวที่น่าสนใจอื่นๆ ของอุทยานแห่งชาติก็มี จุดชมทิวทัศน์เขาดาดฟ้า ซึ่งสามารถมองเห็นทิวทัศน์หมู่เกาะแตนและป่าดิบชื้นที่อยู่รายล้อม ถ้ำเขาวังทอง ที่แม้ทางเข้าจะเป็นโพรงเล็กๆ แต่ภายในจะพบกับหินงอกหินย้อยรูปร่างแปลกๆ มากมาย

อีกกิจกรรมหนึ่งที่ห้ามพลาดเด็ดขาดก็คือ การนั่งเรือชมโลมาสีชมพูบริเวณเกาะนุ้ยนอก โดยสามารถเช่าเรือหางยาวจากท่าเรือแหลมประทับ อ่าวขนอม นั่งได้ไม่เกิน 7 คน ซึ่งในโปรแกรมนอกจากจะล่องเรือชมโลมาแล้วยังพาไปชมเขาหินพับผ้า และนมัสการหลวงปู่ทวดที่เกาะนุ้ยนอกอีกด้วย